As preocupações com a formalização de um Comitê de Ética em Pesquisa surgiram no âmbito da pós-graduação do CBES no ano de 2007. O CBES, com seus cursos de graduação e pós-graduação, vendo a necessidade de adequação sobre as questões éticas em pesquisa, procurou o CONEP, através de professores da instituições que já faziam parte de outros comitês de ética em outras instituições, onde ministravam aula.  Assim, já existia por parte desta equipe profissional uma clara preocupação com as questões éticas em seu sentido lato, bem como a preocupação em oferecer um trabalho de orientação em termos de condução das pesquisas inerentes ao processo educacional atendendo quesitos éticos.  Convergindo nesta perspectiva, a solicitude da resolução 196/96 no sentido de que cada Instituição de Ensino Superior possua seu comitê de ética em pesquisa fizeram com que em 2007 a Diretoria do CBES, juntamente  com um grupo de  professores  se encontrassem para discutir os problemas éticos das pesquisas, já visualizando a formação de um comitê. O reconhecimento por parte da CONEP ocorreu em setembro de 2007, quando do recebimento da Carta N. 1538, que aprovou o registro deste Comitê. Uma Comissão assumiu até março de 2008.

Em 16 de março de 2008, houve uma nova equipe de 9 profissionais e uma representante de usuários, que assumiram o CEP CBES. Umas das primeiras iniciativas realizadas foi a realização de um curso de capacitação para membros do comitê, com o objetivo de, a partir do estudo da resolução 196/96 e complementares, bem como de outros materiais, montar o formato institucional da apresentação dos documentos a este CEP como por exemplo o fluxograma, encaminhamentos metodológicos do projeto e termos de consentimento livre e esclarecido.